Le M2 de Chimie Organique joue un rôle reconnu dans la formation des jeunes chercheurs. La qualité des étudiants du M2 et de leur formation leur permet de postuler avec succès sur les financements de thèse proposés dans les laboratoires de recherche de l’UPS (ICMMO, UFR de Pharmacie), de la vallée de Chevreuse (ICSN, Institut Curie), du plateau de Saclay (CEA, Polytechnique), de la région Ile de France et au-delà (en France où à l’étranger).
Sur les trois dernières années, de 63 à 85 % des étudiants du M2 poursuivent en Thèse de Doctorat.
En 2011, près de 50 % des étudiants du M2 ont poursuivi en thèse au sein de l'
Ecole Doctorale de Chimie de Paris Sud (ED 470), en France ou à l'étranger.