Institut de Chimie Moléculaire et des Matériaux d'Orsay

Laboratoire de Chimie Organique Multifonctionnelle - LCOM

David BONNAFFE

 

 

Professeur
ICMMO - LG2M - Bât 420
Université Paris-Sud XI
15, rue Georges Clémenceau
91405 Orsay Cedex
FRANCE

Tel : 33 (0) 1 69 15 72 33
Fax : 33 (0) 1 69 15 47 15

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Thèmes de recherche

Nouvelles méthodologies en synthèse organique, applications à la glycochimie et à la synthèse totale d’oligosaccharides ou de mimes bioactifs

Activités de recherche

Accès à la diversité moléculaire des glycosaminoglycanes (GAGs) :
  • Développement de méthodologie pour la synthèse combinatoire de fragments hétérogènes de GAGs.
  • Synthèse de chimiothèques de fragments de GAGs posédant différents motifs de sulfatation et d’épimérisation de l’acide uronique : accès à un premier niveau de diversité moléculaire lié aux microhétérogénéités présentes dans le polymère.
  • Synthèse de mimes de fragments longs ayant des topologie de charge bien définies : accès au « deuxième niveau de diversité moléculaire des GAGs » lié à l’alternance de domaines fortement sulfatés et faiblement sulfatés.

Synthèse de chimères GAGs-Proteines [lien]

Etude des interactions GAG-protéines, en collaboration avec H. Lortat-Jacob (IBS, Grenoble) et T. Feizy (Imperial College, Harrow, Angleterre) :

  • Interaction GAG-cytokines et GAG-chimiokines : IFN-gamma et SDF-1-alpha
  • Interaction GAG-protéines virales : mise en évidence d'un nouveau type d'inhibiteur d'entrée du VIH
  • Implication des GAGs dans les pathologies neurodégénératives consécutives à une infection par des protéines prions.


Parcours professionnel

  • 2010 : Respnsable de l'équipe Glycochimie Moléculaire et Macromoléculaire de l'ICMMO.
  • 2009 : Responsable du M2R de Chimie Organique d'Orsay.
  • 2009 : Elu représentant de la France à la European Carbohydrate Organisation.
  • 2006 : Président de la Commission de Specialistes 32ème section Orsay puis de la CCSU-32 Orsay.
  • 2004 : Nomination comme Professeur des Universités sur la thématique « Synthèse Organique à l’Interface Chimie-Glycobiologie » et élection à la direction du Laboratoire de Chimie Organique Multifonctionnelle.
  • 2001 : Habilitation à diriger les recherches (spécialité chimie, Orsay). Glycosaminoglycanes : mimes de fragments bioactifs et accès combinatoire à leur diversité moléculaire.
  • 1993 : Nomination comme Maître de Conférences de l’Université Paris Sud. Recherche au Laboratoire de Chimie Organique Multifonctionnelle (Dir. A. Lubineau).
  • 1992-93 : Stage post-doctoral (bourse ANRS) dans le laboratoire du Dr. T. Huynh-Dinh à l'Institut Pasteur (Paris) : Synthèse de prodrogues lipophiles de di- et triphosphates d'inhibiteurs de la transcriptase inverse du VIH.
  • 1987-92 Préparation d'une thèse de doctorat en chimie organique sous la direction du Pr. A. Lubineau (LCOM, Orsay). Modification chimique des protéines : préparation de nouveaux réactifs pour l'hydrophilisation ou la lipophilisation. Etude des propriétés physico-chimiques de la peroxydase du raifort déglycosylée ou surglycosylée.
  • 1990-91 : VSN (Elf Aquitaine) dans le laboratoire du Pr. H. Simon (TU Munchen, Garching) : Préparation de 5-méthoxy-1,4-pentonolactones par réduction microbiologique énantiosélective d'acides 2-oxo-5-alkoxy-3-penténoiques.
  • 1987 : DEA de spectroscopie appliquée à la chimie et à la biochimie (Pr. Basselier), Université Pierre et Marie Curie (Paris VI).
  • 1982-87 : ESCOM (Ecole Supérieure de Chimie Organique et Minérale, Paris) Diplôme ingénieur ESCOM (1987).

Activités d'enseignement

  • Cours de glycochimie en M1 chimie (chim 438) et M2-recherche chimie organique (chim 525), UPS-Orsay
  • Cours de « chimie des hétéroéléments » M1 chimie (chim 434), UPS-Orsay
  • Cours-TD de modélisation moléculaire L-pro LPCOB, IUT-Orsay
  • Cours de chimie combinatoire LPCOB, IUT-Orsay
  • Cours « réactivité des molécules organiques » L2 (chim 251), UPS-Orsay
  • TP de RMN, M2-pro IMAM (chim 565), UPS-Orsay

Publications récentes

  • " Characterization of Glycosaminoglycan (GAG) Sulfatases from the Human Gut Symbiont Bacteroides thetaiotaomicron Reveals the First GAG-specific Bacterial Endosulfatase " Ulmer Jonathan E., Morssing Vilén Eric, Namburi Ramesh Babu, Benjdia Alhosna, Beneteau Julie, Malleron Annie, Bonnaffé David, Driguez Pierre-Alexandre, Descroix Karine, Lassalle Gilbert, Le Narvor Christine, Sandström Corine, Spillmann Dorothe, Berteau Olivier J. Biol. Chem. 2014, 289, 24289-24303 [PDF]
  • " SPR imaging based electronic tongue via landscape images for complex mixture analysis " Genua Maria, Garçon Laurie-Amandine, Mounier Violette, Wehry Hillary, Buhot Arnaud, Billon Martial, Calemczuk Roberto, Bonnaffé David, Hou Yanxia, Livache Thierry Talanta 2014, 130, 49-54 [PDF]
  • " Repairing the thiol-ene coupling reaction " Povie Guillaume, Tran Anh-Tuan , Bonnaffé David, Habegger Jacqueline, Hu Zhaoyu, Le Narvor Christine, Renaud Philippe Angew. Chem. Int. Ed. 2014, 53, 3894–3898 [PDF]
  • " p-Methoxybenzyl-N-phenyl-2,2,2-Trifluoroacetimidate: a Versatile Reagent For Mild Acid catalyzed Etherification " Barroca-Aubry Nadine, Benchekroun Mohamed, Gomes Filipe, Bonnaffé David Tetrahedron Lett. 2013, 54, 5118-5121
  • " A synthetic heparan sulfate-mimetic peptide conjugated to a mini CD4 displays very high anti-HIV-1 activity independently of coreceptor usage. " Connell Bridget J., Baleux Françoise, Coic Yves-Marie, Clayette Pascal, Bonnaffé David, Lortat-Jacob Hugues Chem. Biol. 2012, 19, 131-139
  • " Continuous Evolution Profiles for Electronic-Tongue-Based Analysis " Hou Yanxia, Genua Maria, Tada Batista Dayane, Calemczuk Roberto, Buhot Arnaud, Fornarelli Pauline, Koubachi Jamal, Bonnaffé David, Saesen Els, Laguri Cédric, Lortat-Jacob Hugues, Livache Thierry Angewandte Chemie International Edition 2012, 51, 10394-10398 [PDF]
  • " Bioactive synthetic Heparan Sulfate and Heparin derivatives: from long fragments mimetics to chimeras " Bonnaffé David Comptes Rendus Chimie 2011, 14, 59-73 [PDF]
  • " Vous prendrez bien un peu de sucre ? " Barroca-Aubry Nadine, Beau Jean-Marie, Bonnaffé David, Bourdreux Yann, Doisneau Gilles, Le Narvor Christine, Lepoittevin Bénédicte, Roger Philippe, Urban Dominique, Vauzeilles Boris Plein Sud 2011, Spécial Recherche 2010/2011, 104-115 [PDF]
  • " Ytterbium Trifluoromethansulfonate" Tran Anh Tuan, Bonnaffé David Synlett 2010, 1880-1881 [PDF]
  • " Hijacking of the Pleiotropic Cytokine Interferon-gamma by the Type III Secretion System of Yersinia pestis " Gendrin Claire, Sarrazin Stéphane, Bonnaffé David, Jault Jean-Michel, Lortat-Jacob Hugues, Dessen Andréa PLoS one 2010, 5, e15242 [PDF]
  • " Copper-Free Click Chemistry for Highly Luminescent Quantum Dot Conjugates: Application to in Vivo Metabolic Imaging " Bernardin Aude, Cazet Aurélie, Guyon Laurent, Delannoy Philippe, Vinet Françoise, Bonnaffé David, Texier Isabelle Bioconjugate Chemistry 2010, 21, 583-588 [PDF]
  • " Desorption Electrospray Ionization Mass Spectrometry of Glycosaminoglycans and Their Protein Noncovalent Complex" Przybylski Cédric, Gonnet Florence, Hersant Yaël, Bonnaffé David, Lortat-Jacob Hugues, Daniel Régis Analytical Chemistry 2010, 82, 9225-9233 [PDF]
  • " HABA-based ionic liquid matrices for UV-MALDI-MS analysis of heparin and heparan sulfate oligosaccharide " Cedric Przybylski, Florence Gonnet, Bonnaffé David, Hersant Yaël, Hugues Lortat-Jacob, Regis Daniel Glycobiology 2010, 20, 224-234