Thèmes de recherche

Activités de recherche

• Développement de méthodologie pour la synthèse combinatoire de fragments hétérogènes de GAGs.
• Synthèse de chimiothèques de fragments de GAGs posédant différents motifs de sulfatation et d’épimérisation de l’acide uronique : accès à un premier niveau de diversité moléculaire lié aux microhétérogénéités présentes dans le polymère.
• Synthèse de mimes de fragments longs ayant des topologie de charge bien définies : accès au « deuxième niveau de diversité moléculaire des GAGs » lié à l’alternance de domaines fortement sulfatés et faiblement sulfatés.
  
  

• Interaction GAG-cytokines et GAG-chimiokines : IFN-gamma et SDF-1-alpha
• Interaction GAG-protéines virales : mise en évidence d'un nouveau type d'inhibiteur d'entrée du VIH
• Implication des GAGs dans les pathologies neurodégénératives consécutives à une infection par des protéines prions.

Parcours professionnel

• 2010 : Respnsable de l'équipe Glycochimie Moléculaire et Macromoléculaire de l'ICMMO.
• 2009 : Responsable du M2R de Chimie Organique d'Orsay.
• 2009 : Elu représentant de la France à la European Carbohydrate Organisation.
• 2006 : Président de la Commission de Specialistes 32ème section Orsay puis de la CCSU-32 Orsay.
• 2004 : Nomination comme Professeur des Universités sur la thématique « Synthèse Organique à l’Interface Chimie-Glycobiologie » et élection à la direction du Laboratoire de Chimie Organique Multifonctionnelle.
  
• 2001 : Habilitation à diriger les recherches (spécialité chimie, Orsay). Glycosaminoglycanes : mimes de fragments bioactifs et accès combinatoire à leur diversité moléculaire.
• 1993 : Nomination comme Maître de Conférences de l’Université Paris Sud. Recherche au Laboratoire de Chimie Organique Multifonctionnelle (Dir. A. Lubineau).
• 1992-93 : Stage post-doctoral (bourse ANRS) dans le laboratoire du Dr. T. Huynh-Dinh à l'Institut Pasteur (Paris) : Synthèse de prodrogues lipophiles de di- et triphosphates d'inhibiteurs de la transcriptase inverse du VIH.
• 1987-92 Préparation d'une thèse de doctorat en chimie organique sous la direction du Pr. A. Lubineau (LCOM, Orsay). Modification chimique des protéines : préparation de nouveaux réactifs pour l'hydrophilisation ou la lipophilisation. Etude des propriétés physico-chimiques de la peroxydase du raifort déglycosylée ou surglycosylée.
• 1990-91 : VSN (Elf Aquitaine) dans le laboratoire du Pr. H. Simon (TU Munchen, Garching) : Préparation de 5-méthoxy-1,4-pentonolactones par réduction microbiologique énantiosélective d'acides 2-oxo-5-alkoxy-3-penténoiques.
• 1987 : DEA de spectroscopie appliquée à la chimie et à la biochimie (Pr. Basselier), Université Pierre et Marie Curie (Paris VI).
• 1982-87 : ESCOM (Ecole Supérieure de Chimie Organique et Minérale, Paris) Diplôme ingénieur ESCOM (1987).
  
  

Activités d'enseignement

• Cours de glycochimie en M1 chimie (chim 438) et M2-recherche chimie organique (chim 525), UPS-Orsay
• Cours de « chimie des hétéroéléments » M1 chimie (chim 434), UPS-Orsay
• Cours-TD de modélisation moléculaire L-pro LPCOB, IUT-Orsay
• Cours de chimie combinatoire LPCOB, IUT-Orsay
• Cours « réactivité des molécules organiques » L2 (chim 251), UPS-Orsay
• TP de RMN, M2-pro IMAM (chim 565), UPS-Orsay
  
  

Publications récentes

• " Continuous Evolution Profiles for Electronic-Tongue-Based Analysis " Hou Yanxia, Genua Maria, Tada Batista Dayane, Calemczuk Roberto, Buhot Arnaud, Fornarelli Pauline, Koubachi Jamal, Bonnaffé David, Saesen Els, Laguri Cédric, Lortat-Jacob Hugues, Livache Thierry Angewandte Chemie International Edition 2012, in press, [PDF]
• " Bioactive synthetic Heparan Sulfate and Heparin derivatives: from long fragments mimetics to chimeras " Bonnaffé David Comptes Rendus Chimie 2011, 14, 59-73 [PDF]
• " Vous prendrez bien un peu de sucre ? " Barroca-Aubry Nadine, Beau Jean-Marie, Bonnaffé David, Bourdreux Yann, Doisneau Gilles, Le Narvor Christine, Lepoittevin Bénédicte, Roger Philippe, Urban Dominique, Vauzeilles Boris Plein Sud 2011, Spécial Recherche 2010/2011, 104-115 [PDF]
• " HABA-based ionic liquid matrices for UV-MALDI-MS analysis of heparin and heparan sulfate oligosaccharide " Cedric Przybylski, Florence Gonnet, Bonnaffé David, Hersant Yaël, Hugues Lortat-Jacob, Regis Daniel Glycobiology 2010, 20, 224-234
• " Desorption Electrospray Ionization Mass Spectrometry of Glycosaminoglycans and Their Protein Noncovalent Complex" Przybylski Cédric, Gonnet Florence, Hersant Yaël, Bonnaffé David, Lortat-Jacob Hugues, Daniel Régis Analytical Chemistry 2010, 82, 9225-9233 [PDF]
• " Copper-Free Click Chemistry for Highly Luminescent Quantum Dot Conjugates: Application to in Vivo Metabolic Imaging " Bernardin Aude, Cazet Aurélie, Guyon Laurent, Delannoy Philippe, Vinet Françoise, Bonnaffé David, Texier Isabelle Bioconjugate Chemistry 2010, 21, 583-588 [PDF]
• " Hijacking of the Pleiotropic Cytokine Interferon-gamma by the Type III Secretion System of Yersinia pestis " Gendrin Claire, Sarrazin Stéphane, Bonnaffé David, Jault Jean-Michel, Lortat-Jacob Hugues, Dessen Andréa PLoS one 2010, 5, e15242 [PDF]
• " Ytterbium Trifluoromethansulfonate" Tran Anh Tuan, Bonnaffé David Synlett 2010, 1880-1881 [PDF]
• " A synthetic CD4–heparan sulfate glycoconjugate inhibits CCR5 and CXCR4 HIV-1 attachment and entry " Françoise Baleux, Latino Loureiro-Morais, Hersant Yaël, Pascal Clayette, Fernando Arenzana-Seisdedos, Bonnaffé David, Hugues Lortat-Jacob Nature Chemical Biology 2009, 5 (10), 743-748